Chương trình Đàotạo tại Học viện thánh Anphongsô tuân theo các yêu cầu do Bộ Giáo dục Công giáo của Toà Thánh đề nghị cho Giáohội Việt Nam trong việc đào tạo tu sĩ,linh mục. Cách riêng, Chương trình Đào tạo tại Học viện tuân thủ Tông hiến Veritatis Gaudium (2018) của Đức Thánh Cha Phanxicô và Ratio fundamentalis institutionis sacerdotalis (2016) do Bộ Giáo sĩ ban hành. Chương trình đào tạo cũng được xây dựng dựa trên Ratio Formationis (2020)của Trung ương Dòng Chúa Cứu Thế, Ratio Institutionis Sacerdotalis – Đào tạo linh mục: Định hướng và chỉ dẫn (2012)của Hội đồng Giám mục Việt Nam, và Ratio Formationis (2025)của Tỉnh Dòng Chúa Cứu Thế Việt Nam.
