Chương trình đào tạo tại Học viện thánh Anphongsô được thiết lập nhằm huấn luyện các sinh viên trở thành những tu sĩ, linh mục thừa sai“đạt tới mức độ trưởng thành Kitô giáo và nhân bản, để với sự trợ giúp của ân sủng Thiên Chúa, họ sẽ hiến dâng chính mình cách hiểu biết, tự nguyện và toàn tâm cho sứ vụ thừa sai của Hội Thánh (…) hầu loan báo Tin Mừng cho người nghèo” (HP, # 78, x. HP, # 1, RF, # 2).