Với mục đích nêu trên, Học viện thánh Anphongsô hướng đến các mục tiêu chính sau đây:
(1) Nhân bản: Sinh viên được đào tạo để có khả năng phán đoán và biện phân giữa lý trí và đức tin, lý thuyết và thực hành; họ càng ngày càng gia tăng sự trưởng thành nhân bản Kitô giáo, có khả năng chấp nhận mình và đón nhận người khác trong tinh thần đức ái Kitô giáo.
(2) Tri thức: Sinh viên được học hỏi, nghiên cứu, trau dồi kiến thức và hiểu biết về con người, xã hội, văn hoá, tôn giáo, cũng như các mầu nhiệm đức tin Kitô giáo: Họ được “đào tạo trong hình ảnh của Chúa Kitô, Đấng Cứu Độ, Linh Mục Đời Đời. Họ học nên một với Ngài và nỗ lực hết sức mình khám phá trọn vẹn mầu nhiệm Chúa Kitô bằng cách nghiên cứu có hệ thống và có khoa học các môn học thánh, và hiểu biết ngày càng sâu các môn khoa học nhân văn” (x. HP, # 87).
(3) Tu đức, thiêng liêng: Ngoài việc học tập, nghiên cứu có tính hàn lâm, sinh viên cùng nhau xây dựng môi trường Học viện thấm đượm tinh thần tu trì, thiêng liêng: Học để thăng tiến đời sống đạo đức, thiêng liêng.
(4) Cộng đoàn: Sinh viên tài bồi cho nhau với những khả năng của mỗi người và cùng xây dựng cộng đoàn Học viện thấm đượm tinh thần huynh đệ, bác ái Kitô giáo.
(5) Sứ vụ: Sinh viên Học viện đạt tới sự am hiểu và niềm xác tín sứ vụ của mình trong đặc sủng của Dòng Chúa Cứu Thế. Trong thời gian học tập tại Học viện, họ được trang bị các kỹ năng và kiến thức cần thiết để có thể ứng đáp được sứ vụ tương lai.